La Puglia mantiene il quarto posto nel rapporto Ecomafie presentato da Legambiente: 2.085 infrazioni accertate (2.169 nel 2005), 2.514 persone denunciate e 34 arrestate (2.495 in tutto nel 2005) e 970 sequestri effettuati (1.617 nel 2005).
Sul fronte del ciclo illegale dei rifiuti, la Puglia, regina della classifica dello scorso anno, perde il primato ma resta ancora sul podio collocandosi al terzo posto, scavalcata da Campania e Sicilia, con 410 infrazioni accertate, 1002 denunce, 26 arresti e 453 sequestri effettuati. Nessuna delle sei province pugliesi è immune dal proliferare delle discariche abusive, per non parlare della prosperità in cui regna il business delle truffe ai danni delle amministrazioni pubbliche per false fatturazioni in ogni fase del ciclo dei rifiuti. Ma è sempre il traffico illecito che fa della Puglia una protagonista assoluta nel panorama nazionale: nelle campagne pugliesi si conclude spesso il lungo viaggio dei rifiuti di mezza Italia. Nel ciclo illegale del cemento, la Puglia passa dal quarto posto al quinto con 610 infrazioni accertate (645 nel 2005), 672 persone denunciate e 144 sequestri effettuati (218 nel 2005). Sul fronte traffico e lo sfruttamento di animali, la Puglia è fra le regioni capitali delle corse clandestine di cavalli insieme a Sicilia e Campania. Sul fronte dell´archeomafia, l´aggressione criminale al patrimonio artistico e archeologico, la Puglia è al sedicesimo posto con 14 furti nel 2006 (15 nel 2005).