La grossa polemica sulla mozzarella di bufala investe anche la Capitanata. Rinunciare al marchio Dop oppure specificare che il latte usato è pugliese.
Il marchio di Denominazione d'origine protetta, ottenuto nel 2003, torna come un boomerang sui comuni foggiani interessati alla produzione di mozzarelle di bufala. Secondo l'etichetta, "Mozzarella di bufala campana", è, sia quella prodotta in Campania, sia quella prodotta in Puglia e poco importa al consumatore se le mozzarelle con presenza di diossina superiore ai limiti di legge non hanno nulla a che fare con il territorio incontaminato del Parco nazionale del Gargano o con il latte che proviene da stalle certificate lontane dall'emergenza rifiuti napoletana. La produzione in Capitanata è considerevole: San Giovanni Rotondo, Manfredonia, San Marco in Lamis, Lucera, Apricena, Sannicandro Garganico, Cagnano, Foggia, Cerignola, Lesina, Poggio Imperiale e Torremaggiore producono insieme oltre 20 mila quintali di mozzarelle, il 10 per cento della quota nazionale. Si temporeggia, e per fortuna i mercati esteri maggiormente interessati alla produzione foggiana, non stanno dando segni di cedimento.